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《意见》在第二条“建设农产品安全大市的思路和重点”中指出：“基本思路：坚持以绿色发展为导向，以增加农民收入为核心，秉持‘立于生态、兴于经济、成于家园’的理念，积极探索生产绿色有机农产品与提高农民收入相生相伴的增收体系。严格落实生产绿色有机农产品‘禁用清单’，严禁任何企业和个人在张掖落地从事繁育、销售和使用转基因种子的经营活动，严禁使用违禁肥料和农药，严禁使用违禁饲料、兽药和添加剂，严禁使用违禁食品添加剂，严禁超标准使用农业投入品。通过落实‘一严格、五禁止’措施，努力建设以绿色有机为标志的农产品安全大市。”
于是，该市成为全国第一个通过出台文件明确禁止转基因作物种植的地级市。业内人士认为，地方禁止种植转基因作物可能主要出于保护农业多样性及宣布当地有机产品的目标，不排除未来会有越来越多的地方加入到禁止转基因的行列中来。
张掖市委书记陈克恭在这次会议上说：“此事(转基因种子)重大，不能存在任何的侥幸心理，也承担不起任何风险，因为我们是农产品生产大市。我们不提食品，只提种子的事情，这种底线是有理性的底线，这种兜底的措施是一种经过权衡之后的措施。我们没有力量和资质来辨别转基因食品的功与过，在没有充分把握有害还是无害的情况下，我们只能采取禁止的措施。”
据中国社科院农村发展研究所研究员李国祥介绍，“张掖市采取的禁止种转基因作物可能是出于保护本地农业种子多样性考虑，如果转基因作物与传统作物种在一起，可能通过基因转移的方式改变传统作物基因。”
去年黑龙江省多个部门、机构向全国人大和国务院有关部门提出的在黑设立非转基因保护区的建议，已经被农业部正式否决。“否决的解释是，我国不允许转基因作物商业化种植，不让种转基因农作物，也就没有设立非转基因保护区的必要了。”接近农业部的一位知情人士透露。
目前我国从国外进口一些转基因农产品，但转基因作物种植很少，除了棉花外，基本上还没有实现商业化。
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